Fungsi automatisasi yang disediakan oleh VBA menjadikan Excel sebagai sebuah target virus-virus macro. Ini merupakan problem yang sangat serius dalam dunia korporasi hingga para pembuat antivirus mulai menambahkan dukungan untuk mendeteksi dan membersihkan virus-virus macro dari berkas Excel. Akhirnya, meski terlambat, Microsoft juga mengintegrasikan fungsi untuk mencegah penyalahgunaan macro dengan menonaktifkan macro secara keseluruhan, atau menngaktifkan macro ketika mengaktifkan workbook, atau mempercayai macro yang dienkripsi dengan menggunakan sertifikat digital yang terpercaya.